A travers l’histoire d’amour impossible de Marguerite de Valois (qui n’est d’ailleurs pas sans rappeler les destins contrariés de Roméo et de Juliette), Chéreau s’applique à décrypter les jeux d’influence entre aristocrates et les relations ambigües qu’entretient le pouvoir royal avec un clergé complice et corrompu. Décrivant les fanatiques membres de la Ligue Catholique conduits par le Duc de Guise comme une bande de mafieux violents et les Huguenots comme un lobby en opposition avec l’Absolutisme naissant, il souligne l’engrenage fatal qui mènera à la planification méticuleuse de l’élimination physique des Protestants lors de la terrible nuit de la Saint Barthélémy, dont la violence est mise en image avec un réalisme proche de l’insupportable. Alors qu’au même moment se font ressentir en Europe de l’Est les conséquences de la Chute du Mur de Berlin, le film aquiert une résonance particulière avec un contexte international marqué par l’horreur du conflit en Ex-Yougoslavie et les atroces massacres de civils souvent perpétrés pour des motifs religieux (les Serbes étant majoritairement orthodoxes tandis que les Bosniaques sont majoritairement musulmans).